新疆林业科学院始建于1955年。2001年经自治区人民政府批准升格为副厅级科研机构。2008年成立了新疆农业大学研究生院林科院分院，同年经国家人事部批准建立了新疆林科院博士后工作站。
        新疆林业科学院是一所集科研、推广、服务、开发为一体的综合性、多学科的社会公益性科研事业单位。新疆林科院现有科技人员239人，其中，高级职称42人，中级职称66人，初级职称49人。享受政府特殊津贴的优秀专家11人，2人获联合国计划署荒漠化防治“最佳实践奖”，还有一批科研人员荣获全国林业科技先进工作者、三北防护林建设先进个人、自治区科技扶贫先进个人等荣誉称号。院属科研机构有森林生态、造林治沙、经济林、园林绿化和现代林业五个研究所，还有阿克苏佳木实验站、玛纳斯科研基地、新疆林果产品检验中心、林业科技情报中心、综合生态系统管理信息中心、林业测试中心、国家级天山森林生态定位站、天池试验研究中心等科研辅助机构。
        新疆林业科学院研究领域有防沙治沙、防护林、用材林、森林保护、特色果树、加工利用、遗传育种、园林设计等20多个专业学科，承担国家综合生态系统管理信息中心任务，具有全疆最大的森林病虫、植物标本库。主要开发技术及服务范围有速生林树种选育、名优特林果开发、组培育苗、林果病虫害防治、林果低产林改造、园林设计与工程施工等。经过多年的建设与发展，我院科技水平显著提高，综合实力日益增强，科研成果硕果累累。“十五”以来先后承担国家和地方各级科研项目254项，2006年实现了国家科技支撑计划项目“零”的突破，“十一五”期间共承担国家科技支撑计划6项课题2项专题，承担自治区“十一五”重大科技专项课题一项专题2项，2008年首次承担了国家973计划项目，与中国石油新疆油田分公司合作，共同开展国家重点基础研究计划《二氧化碳植物吸收减排的基础研究》课题研究。“十五”以来取得各项研究成果55项，有15个项目获自治区科技进步奖，其中获国家科技进步二等奖1项，自治区科技进步一等奖1项、自治区科技进步二等奖1项，自治区科技进步三等奖12项。许多科研成果达到国内领先水平，且大多数运用于社会生产中，取得了良好的社会效益、生态效益和经济效益，为自治区林业发展和林业重大工程建设提供了强有力的科技支撑。目前我院在全国省级林业科研院所绩效考核中从“九五”期间的36名上升为全国第10名，居西北地区第一名。发展以特色林果业为主的林业产业体系，是社会主义新农村建设的重要途径。我院为增强林果业发展的科技含量，把我区建成重要的特色林果基地，以高起点、高科技、高效益的发展为目标，研究我区名、特、优经济树种的良种选育，丰产栽培技术，开展林果产品的保鲜、加工利用技术研究，承担我区经济林建设工程的规划、设计，林果业发展技术推广与咨询。我院已在核桃、巴旦杏、红枣等经济树种的引种项目上取得了新突破，近年来先后完成的科研项目有30项，获得国家、自治区级成果奖6项次，优选出26个核桃品种、9个巴旦杏品种，其中核桃9个品种、巴旦杏5个品种已通过自治区审定（认定）为林木良种。积极开展阿月浑子、石榴、酸梅等特色林果的栽培，并在品种选育、快繁、栽培技术、林果低产林改造等方面取得了显著的成效。

       新疆林业科学院在科技与经济相结合方面探索出一条成功的道路，将获得自治区科技进步三等奖的科技成果“杨树胶合板材的定向培育研究”以技术入股方式投入到克拉玛依百万亩林纸一体化建设项目中，为我院带回320万元占股8%的科技股份；获得自治区科技进步一等奖的科技成果“杨树快繁技术体系的研究与应用”，实现了科技与生产的完美结合，在克拉玛依市完成了10万亩“林纸化一体”工业原料林，实现了杨树优良品种组培及营养钵苗产业化生产，每亩育苗10万株，较常规育苗和造林降低总成本4799.4万元，推广苗木4，500余万株。开展编制可行性研究报告、规划设计，承接园林绿化工程等技术开发项目204项，总产值达2000多万元，创利润300多万元。“库尔勒市郊荒山绿化节水造林技术”被评为国内技术领先项目和自治区绿化委员会命名的“人类改造自然先进示范工程”。
       党的十八大把生态文明建设纳入中国特色社会主义事业五位一体总体布局，明确提出大力推进生态文明建设，努力建设美丽中国，实现中华民族永续发展。习近平总书记强调，建设生态文明，关系人民福祉，关乎民族未来。要牢固树立保护生态环境就是保护生产力、改善生态环境就是发展生产力的理念，更加自觉地推动绿色发展、循环发展、低碳发展，决不以牺牲环境为代价去换取一时的经济增长。新疆林科院将紧紧围绕新疆林业发展的战略重点，发扬团结、创新、严谨、务实的林科精神，坚持在科学研究、技术服务、对外合作、管理体制等方面开拓创新，努力探索出一条新疆林业科技可持续发展的新路，为我国林业科研事业和新疆林业跨越式发展做出更大的贡献。